
El psiquiatra Thomas H. Leonard le diagnosticó psicosis maníaco-depresiva. Ella no reconocía estar enferma, aunque bien es cierto que su adicción al alcohol le había causado numerosos problemas. En el sanatorio, se la sometió a un tratamiento de choque de insulina, al que no reaccionó y, más tarde, a una serie de tratamientos brutales de electrochoque e hidroterapia.
De vuelta a casa, Frances estaba aterrorizada ante la perspectiva de ser ingresada de nuevo y se marchó varias veces, siempre atrayendo a la prensa en ese proceso. En mayo de 1945, su madre la ingresó en Steilacoom. Se quedaría allí los siguientes cinco años, en unas condiciones dantescas: mezclada con criminales y retrasados mentales y tratada muy vejatoriamente e incluso violada por enfermeros. Fue sometida otra vez a continuos electrochoques.
El Doctor Walter Freeman, quien había desarrollado la lobotomía transorbital (un tratamiento que solo requería levantar un párpado del ojo e insertar un 'picahielos' para seccionar el lóbulo frontal del cerebro), trató a Farmer a solas en una habitación, y aunque no se sabe con exactitud, la sospecha de los empleados del hospital era que le había hecho una lobotomía. Frances no volvería nunca a ser la misma.